所谓项目经理负责制，就是指企业内部按照经济责任制的原则，以项目合同书的形式确定项目经理与企业的责、权、利关系，项目经理按照企业规章制度在施工生产中履行其权利和义务，最大限度地优化配置各道工序，优质高效圆满完成生产任务。实施项目经理负责制主要在于明确了责任主体，缩短了项目管理上的指挥层次和空间，对工程的安全、质量、进度、费用等关键部位控制更为具体，有助于各种关系的整合、协调。
项目管理责任制内容包括以下四个方面：一是建设项目行政领导责任制。部机关各有关司（局）行政领导要按照《农业基本建设项目管理办法》中明确的分工，对项目建设负责。部直属事业单位的法定代表人对本单位的建设项目负责。省级农业行政主管部门的分管领导，对本省的农业建设项目负责，负责建立省内建设项目监管责任人制度。
针对需要进行整改的项目，由项目行业主管司局负责提出需要进行整改项目的整改方案、下达整改通知、并督促其按时完成整改任务；发展计划司负责整改工作的布置与协调，并对整改结果进行审核。二是执行项目法人责任制。所有农业建设项目在立项之前必须明确项目法人，对项目申报、建设实施、资金管理及建成后的运行管理等全过程负责。
针对项目管理制度不健全、财务管理混乱、工程质量存在严重问题，没有按国家招投标有关规定将工程发包给有资质的勘察设计、施工、监理等单位或在招投标过程中进行违规操作的，要追究项目法人的责任。建设项目法人，能是承担项目的事业（企业）单位法人，也能依据项目的实际需要按照政事（企）分开的原则组建项目法人，但各级农业行政管理部门原则上不能作为项目法人。
三是执行参建单位工程质量领导人责任制。农业建设项目勘察设计、施工、监理等单位的法定代表人，要按各自职责对所承建项目的工程质量负领导责任。因参建单位工作失误导致重大工程质量事故的，除追究直接责任人的责任外，还要追究参建单位法定代表人的领导责任。

四是执行工程质量终身负责制。农业建设项目工程质量的行政领导责任人，项目法人，勘察设计、施工、监理等单位的法定代表人，要按各自的职责对其经手的工程质量负终身责任。如发生重大工程质量事故，不管调到哪里工作，担任什么职务，都要追究相应的行政和法律责任。